Rebecca Nyandeng đã bày tỏ sự không hài lòng với cách chính phủ của Sudan ở Khartoum trong việc thực hiện Thỏa thuận hòa bình toàn diện (CPA). Trong những năm chiến tranh, bà gia nhập quân đội miền Nam ngày nay với tên gọi Quân đội giải phóng nhân dân Sudan và Phong trào giải phóng nhân dân Sudan. Cô được biết đến với sự ủng hộ cho quyền tự quyết của Nam Sudan mặc dù bà không chống lại một Sudan thống nhất dưới cùng một chế độ pháp trị dân chủ. Hàng triệu người Nam Sudan đã bị ảnh hưởng bởi cuộc chiến giữa Bắc và Nam Sudan có lịch sử lâu đời kể từ khi người Anh rời khỏi Sudan vào năm 1956. Hậu quả của chiến tranh là hơn 2 triệu sinh mạng ở Nam Sudan đã bị mất và bốn triệu người Nam Sudan đều phải di cư và sống ở nước ngoài như những người tị nạn. Sau khi hòa bình ở Nam Sudan, quá trình hồi hương đang trở thành vấn đề nóng một lần nữa bởi Liên Hợp Quốc.[cần giải thích]